Os palmitos estão agregados na floresta?

Vamos usar os dados da posição de palmitos (Euterpe edulis ) adultos em uma parcela de 10,24 ha de floresta (320×320 m). A hipótese nula é que esses indivíduos se distribuem aleatoriamente no espaço. Para isso iremos usar a estatística de interesse denominada media da distância ao vizinho mais próximo. Quando o valor dessa estatística observada na população é menor do que o valor encontrada na distribuição de completa aleatoriedade espacial, indica que a população tem distribuição agregada. Caso o valor observado seja maior, indica que a população tem distribuição espacial uniforme, ou que há repulsão entre indivíduos. Para o teste de hipótese comparamos o valor observado com a distribuição de pseudovalores gerados com completa aleatoriedade espacial.


Abaixo reproduzimos o pseudo-código para que possa conduzir esse teste de aleatorização:

• Baixe o arquivo palmadulto.txt e leia os dados no R em um objeto chamado palm, não esqueça de conferir se o objeto de dados foi lido corretamente e utilize o arguento as.is = TRUE.
• Conte o número de árvores que estão no objeto palm e guarde no objeto nPalm.
• Calcule a distância entre todos os indivíduosa ^dist e guarde no objeto distPalm, obedecendo a ordem dos indivíduos nos dados originais e com apenas uma casa decimal de precisão. Este objeto deve ser uma matriz.
• Garanta que a matriz distPalm foi preenchida tanto no triângulo superior quanto no inferior e que as distâncias da árvore com ela mesma está preenchida com NAs ^mat.
• Crie o vetor vizPalm para guardar a distância ao vizinho mais próximo de cada indivíduo, com precisão de uma casa decimal.
• Calcule a média do vetor vizPalm e guarde no objeto medViz.
• Crie o objeto nSim para guardar o número de simulações, no caso o valor 1000.
• Crie o vetor resSim para guardar o resultado das simulações, preenchido com NAs.
• Guarde o valor medViz na primeira posição do objeto resSim.
• Crie um ciclo de iteração com o contador z que vai de 2 a nSim.


• Dentro do ciclo:
• Crie um vetor xSim com nPalm posições e preencha com valores de uma distribuição uniforme aleatória com os parâmetros min = 0 e max = 319.9, use a precisão de uma casa decimal.
• Crie o objeto ySim da mesma forma que xSim.
• Calcule a média ao vizinho mais próximo das coordenas cartesianas criadas acima, assim como fizemos para os dados (também use a precisão de uma casa decimal na matriz de distância), e guarde no objeto resSim na posição relativa ao contador z
• Feche o ciclo.


• Calcule o número de vezes que a média da distância ao vizinho mais próximo da simulação foi menor ou igual ao valor observado e guarde no objeto nAgr.
• Calcule agora o valor de probabilidade de incorrer em erro ao afirmar que os palmitos adutos estão distribuídos de forma agregada na parcela e guarde no objeto pAgr.